佳績的背后也暗藏隱患。污染源自動監控系統一定程度給企業戴上了“緊箍咒”，迫使很多企業改進排污設備，實現達標排放。排污單位要維持達標排放，每天都要投入大量的財力、物力和精力，這種出力出錢“不討好”的事讓部分排污單位開始玩起了“手段”。

現行的企業自動監測系統主要由自動監測設備、數據采集傳輸系統和監控中心三部分組成。其中自動監測設備由采樣、分析和數據處理（即工控機）3模塊組成。